просто настройки в Logic гляньте при открытии нового проекта выбирайте в окне new Track
Type - Audio
Format - Mono
input - название входа, куда гитару подсоединили.
Далее слева от дорожки нажмите квадратные кнопки с буквами I и R
Если не поможет, гляньте настройки в Preferences в audio